Jika kita membicarakan sejarah berdirinya Sekolah Menengah Kejuruan Syubbanul Wathon Tegalrejo Magelang maka tidak akan lepas dari sebuah lembaga pendidikan non-formal Pondok Pesantren API Tegalrejo Magelang karen aSMK dilahirkan berangkat dari salah satu pesantren besar di Jawa Tengah tersebut meski secara struktural nantinya tidak saling terkait antara keduanya.
Pondok Pesantren Tegalrejo yang lebih dikenal dengan sebutan Asrama Perguruan Islam Tegalrejo Magelang berdiri pada tahun 1944 atas prakarsa seorang ulama bernama KH. Chudlori Bin Ikhsan.
KH. Chudlori sebelumnya adalah seorang santri yang belajar ilmu agama di Watu Congol Magelang dibawah asuhan KH. Dalhar (1923-1942). Hingga akhirnya Beliau diangkat sebagai menantu sang Kyai dan mendirikan sebuah pondok pesantren kecil di desa Tegalrejo Magelang ±9 Km sebelah timur pusat kota Magelang.
Existnya pendidikan keagamaaan yang ada di Pondok Pesantren Tegalrejo (dengan sistem salafiyah) telah membawa Pesantren tersebut berkembang menjadi sebuah lembaga pendidikan keagamaan yang cukup besar. Lulusan API Tegalrejo yang mampu membuktikan berkiprah aktif didalam masyarakat dan melahirkan tokoh-tokoh besar Indonesia (salah satunya KH Abdurrahman Wahid; Mantan Presiden RI) membuat pesantren tersebut kian diminati hingga kini memiliki ±4000 santri.
Dalam perkembangannya, sepeninggalan KH Chudlori (1977) kepemimpinan API Tegalrejo dilanjutkan oleh para putra Beliau diantarannya KH Abdurrahman Chudlori, KH Achmad Muchammmad, KH Mudrik ch, KH Chanif CH, KH Noor Machin CH, KH Chaidar dan putra terakhir Beliau KH M. Yusuf CH. Seiring dengan perubahan zaman, timbullah pemikiran untuk membentuk sebuah lembaga yang tidak hanya berkutat pada pendidikan agama Islam, namun mampu melakukan banyak hal nyata bagi masyarakat. Maka lahirlah Yayasan SYUBBANUL WAYHON TEGALREJO yang kemudian diketuai oleh KH. M. Yusuf CH.
Yayasan Syubbanul Wathon Tegalrejo pada awalnya hanya bergerak dibidang pertanian dan peternakan. Namun seiring berjalannya waktu, Yayasan Syubbanul Wathon terus melakukan eksplorasi hingga saat ini Yayasan tersebut telah memiliki berbagai unit usaha diantaranya Unit Pertanian dan Peternakan, Unit Perdagangan dan Unit Pendidikan Ketrampilan Usaha (LPK) dan Unit Pendidikan Formal.
Khusus Unit Pendidikan Formal Yayasan Syubbanul Wathon berhasil mendirikan TK ISlam Tepadu dan SD Islam Terpadu Al- Ma’ruf Tegalrejo (2004) dan Sekolah Tinggi Islam Syubbanul Wathon (STIS) dibawah Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga (DISDIKPORA) Kab. Magelang dan Dinas Pendidikan Tinggi. Ketiga lembaga tersebut lahir dari pemikiran para pengasuh Pesantren API Tegalrejo meski dalam stukturnya terpisah dari pesantren API Tegalrejo. Cit-cita dan besar untuk menjadikan Tegalrejo sebagai Education Centre setapak demi setapak  mulai terwujud.